วันหนึ่งโนบิตะไปเก็บเอาต้นไม้เล็ก ๆ จากภูเขาหลังโรงเรียน และใช้ยาวิเศษของโดราเอมอนทำให้ต้นไม้นั้นเคลื่อนไหว และพูดเองได้เหมือนมนุษย์ โนบิตะตั้งชื่อให้ว่า “คีโบ” อีกด้านหนึ่งมนุษย์ต่างดาวพืชได้วางแผนจะทำลายล้างมนุษย์โลกเพื่อช่วยเหลือเหล่าพืชบนโลกโดยจับตัวคีโบไปเพื่อใช้ปลุกมนุษย์ยักษ์สีเขียวในตำนานขึ้นมา พวกโนบิตะจึงต้องบุกไปยังดาวมนุษย์พืชเพื่อช่วยเหลือตัวคีโบ
